Een raamwerk voor sterk gemultiplexte dextramer mapping en voorspelling van T- celreceptorsequenties voor antigeenspecificiteit particular
T-celreceptor (TCR) antigeenspecifieke herkenning is essentieel voor het adaptieve immuunsysteem. Het bouwen van een TCR-antigeen-interactiekaart was echter een uitdaging vanwege de duizelingwekkende diversiteit van TCR’s en antigenen. Dienovereenkomstig zijn recentelijk sterk gemultiplexte dextrameer-TCR-bindingsassays ontwikkeld, maar het nut van de daaruit voortvloeiende grote datasets wordt beperkt door het ontbreken van robuuste rekenmethoden voor normalisatie en interpretatie.
Hier presenteren we een computationeel raamwerk dat een nieuwe methode omvat, ICON (Integrative CONtext-specific Normalization) , voor het identificeren van betrouwbare TCR-pMHC (peptide-major histocompatibiliteitscomplex) interacties en een op neurale netwerk gebaseerde classificatie TCRAI die beter presteert dan andere state-of- geavanceerde methoden voor het voorspellen van TCR-antigeenspecificiteit. We hebben verder aangetoond dat we door ICON en TCRAI te combineren nieuwe subgroepen van TCR ‘s kunnen ontdekken die through verschillende mechanismen aan een bepaalde pMHC binden . Ons raamwerk vergemakkelijkt de identificatie en het begrip van TCR-antigeen-specifieke interacties voor fundamenteel immunologisch onderzoek en klinische immuunmonitoring.
Kwantificeren persistentie in de T-celsignalering netwerk through een optisch bestuurbaar antigen receptor
T-cellen maken onderscheid tussen gezonde en geïnfecteerde cellen met een opmerkelijke gevoeligheid bij het opzetten van een immuunrespons, waarvan wordt aangenomen dat deze afhankelijk is van T-cellen die stimuli van meerdere antigeenpresenterende celinteracties combineren tot een krachtigere respons. Om het vermogen van T-cellen om dit te bereiken te kwantificeren, hebben we een antigeenreceptor ontwikkeld die optisch afstembaar is binnen celconjugaten, die controle geeft over de duur en intensiteit van intracellulaire T-celsignalering.
We observeren een beperkte persistentie binnen het intracellulaire netwerk van T-cellen bij verstoring van de receptorinvoer, waarbij signalen volledig verdwijnen in ~ 15 minuten, en tonen direct aan dat aanhoudende proximale receptorsignalering vereist is om gentranscriptie te behouden. T-cellen accumuleren dus voornamelijk de output van genexpressie in plaats van discrete intracellulaire signalen te integreren. Door optische controle te ontwikkelen in een klinisch relevante chimere antigeenreceptor (CAR), laten we zien dat deze beperkte signaalpersistentie kan worden benut om CAR-T-celactivering drievoudig te verhogen met behulp van pulserende stimulatie. Onze resultaten zijn waarschijnlijk meer in het algemeen van toepassing op de signaleringsdynamiek van andere cellulaire netwerken.
Tumorafstotende eigenschappen van gp100 209- specifieke T-cellen correleren met T- celreceptorbindingsaffiniteit voor het wildtype in plaats van anker-gemodificeerd antigeen
Hoewel er uitzonderingen en uitschieters zijn, correleren T-cel-functionele responsen in het algemeen met de affiniteit van een TCR voor een peptide/MHC-complex. In een latest beschreven uitschietergeval bond de meest veelbelovende klinische kandidaat in een reeks van TCR’s die specifiek zijn voor het gp100 209 melanoomantigeen met de zwakste oplossingsaffiniteit en produceerde de minste hoeveelheid cytokine in vitro. Hypothesen voor dit uitbijtergedrag omvatten ongebruikelijke cytokine-expressiepatronen die voortkomen uit een atypische TCR-bindinggeometrie. Door dit geval in meer element te bestuderen, ontdekten we hier dat uitbijtergedrag niet te wijten is aan ongebruikelijke cytokinepatronen of TCR-binding, maar aan het gebruik van een positie 2-anker-gemodificeerde peptidevariant in in vitro experimenten in plaats van het wildtype antigeen dat aanwezig is in levend.
Hoewel de met anker gemodificeerde variant op grote schaal is gebruikt in de basis- en klinische immunologie als een surrogaat voor het wildtype peptide, heeft eerder werk aangetoond dat TCR’s duidelijk onderscheid kunnen maken tussen de twee. We laten zien dat wanneer rekening wordt gehouden met deze differentiële herkenning, de functionele eigenschappen van gp100 209- specifieke TCR’s volgen met hun affiniteit voor het peptide/MHC-complex. Naast het aantonen van de correlaten met T-celfunctie voor een klinisch relevante TCR , bieden onze resultaten belangrijke overwegingen voor de selectie van TCR’s voor immunotherapie en het gebruik van gemodificeerde peptiden in de immunologie.
Prolifererende cel nucleair antigen direct met androgene receptoren en verbetert androgeen receptor gemedieerde signalering
Androgeenreceptor (AR) en/of zijn constitutief actieve splitsingsvarianten (AR-V’s), zoals AR-V7 en ARv567es, zijn vereist voor de groei en overleving van prostaatkankercellen en de progressie van kanker. Prolifererend celkernantigeen (PCNA) wordt bij voorkeur tot overexpressie gebracht in alle kankers en voert zijn functies uit door interactie met talrijke partnereiwitten. Het doel van de huidige studie was om de mogelijke rol van PCNA bij de regulatie van AR-activiteit te onderzoeken.
Een identieke consensussequentie van de PCNA-interacting protein-box (PIP-box) werd geïdentificeerd aan het N-uiteinde van AR-eiwitten van mens, muis en rat. Er werd gevonden dat PCNA complexen vormt met de volledige AR (AR-FL) en AR-V7, die verzwakt kunnen worden door de kleinmoleculige PIP-box-remmer, T2AA. PCNA vormt ook een complicated met ARv567es en recombinant AR-eiwit. De PCNA-remmers, PCNA-I1S en T2AA, remden de AR-transcriptieactiviteit en de expressie van AR-doelgenen in LNCaP-AI- en 22Rv1-cellen, maar niet in AR-negatieve PC-3-cellen. De knock-down van PCNA-expressieverminderde door dihydrotestosteron gestimuleerde AR-transcriptieactiviteit en schafte het remmende impact van PCNA-I1S op AR-activiteit af. De PCNA-remmer, PCNA‑I1, oefende additieve groeiremmende effecten uit met androgeendeprivatie en enzalutamide in cellen die AR‑FL of AR‑FL/AR‑V7 tot expressie brengen, maar niet in AR‑negatieve PC‑3-cellen.
Tenslotte R9-AR-PIP, een klein peptide imiterende AR PIP-box , bleek te binden aan GFP-PCNA in Ok d van 2,73 pM en remmen de expressie van AR doelgenen, AR transcriptionele activiteit en de groei van AR tot expressie cellen. Over het geheel genomen suggereren deze gegevens sterk dat AR een PCNA-partnereiwit is en een interactie aangaat met PCNA through de PIP-box en dat het richten op de PCNA-AR-interactie een innovatieve en selectieve therapeutische strategie kan zijn tegen prostaatkanker, met identify castratieresistente prostaatkankers constitutief actieve AR-V’s tot overexpressie brengen.
Nieuwe EGFRvIII-specifieke chimere antigeenreceptor – T-cellen met hoge affiniteit elimineren effectief humaan glioblastoom
Doelstellingen: Het toenemende succes van chimere antigeenreceptor (CAR) T-celtherapie bij hematologische maligniteiten versterkt de toepassing ervan bij veel andere kankertypes en met hernieuwde aandacht voor de toepassing ervan op solide tumoren. We presenteren een nieuwe CAR tegen glioblastoom, een agressief, kwaadaardig glioom, met een sombere overlevingskans waarvoor de behandelingsopties al meer dan een decennium onveranderd zijn gebleven.
Methoden: We gebruiken het humane Retained Show (ReD) antilichaamplatform (Myrio Therapeutics) om een nieuw enkelketenig variabel fragment (scFv ) te identificeren dat de epidermale groeifactorreceptormutant variant III (EGFRvIII) herkent , een veel voorkomende en tumorspecifieke mutatie gevonden bij glioblastoom. We gebruiken zowel in vitro functionele testen als een in vivo orthotopisch xenograft- mannequin van glioblastoma om de functie van onze nieuwe CAR, GCT02 genaamd, te onderzoeken, gericht met behulp van muizen CAR T-cellen.
Resultaten: Onze EGFRvIII-specifieke scFv bleek een veel hogere affiniteit te hebben dan gerapporteerde comparatoren die reverse-engineered waren op foundation van monoklonale antilichamen. Ondanks de hogere affiniteit doden GCT02 CAR T-cellen op gelijke wijze, maar scheiden ze lagere hoeveelheden cytokine af. Bovendien mediëren GCT02-CAR T-cellen ook snelle en volledige tumoreliminatie in vivo .
Conclusie: We presenteren een nieuwe EGFRvIII-specifieke CAR, met effectieve antitumorfuncties , zowel in vitro als in een xenotransplantaatmodel van humaan glioblastoom.
Description: A polyclonal antibody against EBAG9. Recognizes EBAG9 from Human, Mouse, Rat. This antibody is Unconjugated. Tested in the following application: ELISA, WB, IHC
Description: This gene was identified as an estrogen-responsive gene. Regulation of transcription by estrogen is mediated by estrogen receptor, which binds to the estrogen-responsive element found in the 5'-flanking region of this gene. The encoded protein is a tumor-associated antigen that is expressed at high frequency in a variety of cancers. Alternate splicing results in multiple transcript variants. A pseudogene of this gene has been defined on chromosome 10.
Description: This gene was identified as an estrogen-responsive gene. Regulation of transcription by estrogen is mediated by estrogen receptor, which binds to the estrogen-responsive element found in the 5'-flanking region of this gene. The encoded protein is a tumor-associated antigen that is expressed at high frequency in a variety of cancers. Alternate splicing results in multiple transcript variants. A pseudogene of this gene has been defined on chromosome 10.
Description: A polyclonal antibody raised in Rabbit that recognizes and binds to Human EBAG9 (Center). This antibody is tested and proven to work in the following applications:
Description: A polyclonal antibody raised in Rabbit that recognizes and binds to Human EBAG9 (Center). This antibody is tested and proven to work in the following applications:
Description: PRSS28 Mouse Recombinant produced in Sf9 Baculovirus cells is a single, glycosylated polypeptide chain containing 256 amino acids (27-274a.a.) and having a molecular mass of 28.7kDa (Molecular size on SDS-PAGE will appear at approximately 28-40kDa)._x000D_PRSS28 is expressed with an 8 amino acid His tag at C-Terminus and purified by proprietary chromatographic techniques.
MMP28 Matrix Metalloproteinase-28 Human Recombinant Protein
Description: MMP28 Human Recombinant produced in E.coli is a single, non-glycosylated polypeptide chain containing 421 amino acids (123-520a.a) and having a molecular mass of 47.3kDa. MMP28 is fused to a 23 amino acid His-tag at N-terminus & purified by proprietary chromatographic techniques.
Description: VPS28 Human Recombinant produced in E.Coli is a single, non-glycosylated, polypeptide chain containing 221 amino acids (1-221 a.a.) and having a molecular mass of 25.4kDa.;The VPS28 is purified by proprietary chromatographic techniques.
Description: Description of target: May participate in suppression of cell proliferation and induces apoptotic cell death through activation of interleukin-1-beta converting enzyme (ICE)-like proteases.;Species reactivity: Human;Application: ;Assay info: Assay Methodology: Quantitative Sandwich Immunoassay;Sensitivity: 0.195 U/mL.
Description: Description of target: May participate in suppression of cell proliferation and induces apoptotic cell death through activation of interleukin-1-beta converting enzyme (ICE)-like proteases.;Species reactivity: Human;Application: ;Assay info: Assay Methodology: Quantitative Sandwich ELISA;Sensitivity: 0.39U/L
Recombinant Trypanosoma Brucei PARPB Protein (aa 28-123)
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
 (UbC) (pLenti-GIII-UbC))
)
)
)
)
)
)
)
)
)
)
)
)
)
)
 (pPB-C-His))
 (pPB-N-His))
 (pPM-C-HA))
 (pPM-C-His))
 (pPB-C-His))
 (pPB-N-His))
 (pPM-C-HA))
 (pPM-C-His))
 (pPB-C-His))
 (pPB-N-His))
 (pPM-C-HA))
 (pPM-C-His))
)
 (pORF))
 (pORF))
 (pORF))
)
 (OKCA02302))
 (OKEH05822))
)
)
)
)
)
)
)
 Protein)
 Protein)
 Protein)
 Protein)
 Protein)
)
)
)
)
)
)
)
)
)
)
)
)
